Informações de carácter histórico:

Segundo documentação existente sobre o lugar desde 1368 (reinado de D. Fernando), o nome original da povoação seria Quinta de Ilhas.
Quinta de Ilhas abrangia uma área geográfica extensa correspondente a uma parte da actual freguesia de Santo Isidoro.
Pensa-se que Quinta de Ilhas tenha sido dividida em duas partes: uma pertencendo à coroa, que a doou a João Gonçalves - o Cavaleiro, o qual depois a passou ao Convento de S.Domingos. Outra pertencendo ao Duque de Bragança D.Jaime, continuando depois com os Condes da Ericeira e Louriçal, e depois com os Condes de Lumiares, os seus senhores directos até 6 de Abril de 1881, altura em que a vendem a Manuel da Silva Gamanho, proprietário e residente na Fonte Boa da Brincosa. Os registos paroquiais de Santo Isidoro revelam que o nome actual remonta
ao início do século XVII.
Pensa-se que a designação de Paço esteja associada à existência de um antigo Paço cujas ruínas ainda persistem apresentando cantarias de estilo manuelino.
Junto às ruínas do Paço existe uma pequena capela dedicada a S.Sebastião.

Informações de carácter arqueológico:

Foram encontrados na zona achados arqueológicos que remontam à época romana, que apontam para que a região tenha sido um importante centro agrícola, com uma ocupação humana intensiva. Terá sido uma vila rústica entre o século I e V, onde se centralizava o movimento sócio-económico da região com base em actividades agro-marítimas.
Os achados arqueológicos sugerem ainda que poderá existir uma necrópole romana em Paço d´Ilhas. Esta suposição manifesta-se nas lendas que ainda hoje se ouvem contar pela população mais velha: associação das curujas ás almas dos incinerados da referida necrópole. Outra lenda expressa pela população é a atribuição de uma origem mourisca às ruínas do Paço d´Ilhas, como se tratando de um palácio Mulçumano. Quando à veracidade da lenda há dúvidas, uma vez que há testemunho que apontam para que o edifício remonte ao início do século XVI. No entanto, a hipótese não é totalmente posta de lado, visto que o edifício pode ter sido construído sobre outra obra mais antiga, mas sobre esta possibilidade ainda não foi feito nenhum estudo.